A GRUBU

Manchester United
Fenerbahçe
Feyenoord
Zorya

B GRUBU
Olympiakos
APOEL
Young Boys
Astana

C GRUBU
Anderlecht
St. Etienne
Mainz
Qabala

D GRUBU
Zenit
AZ Alkmar
Maccabi
Dundalk

E GRUBU
Viktoria Plzen
Roma
Austria Wien
Astra 

F GRUBU
Athletic Bilbao
Genk
Rapid Wien
Sassuolo

G GRUBU
Ajax
Standart Liege
Celta Vigo
Panathinaikos

H GRUBU
Shakhtar Donetsk
Braga
Gent
Konyaspor

I GRUBU
Schalke
Salzburg
Krasnodar
Nice

J GRUBU
Fiorentina
PAOK
Slovan Liberec
Qarabag

K GRUBU
Inter
Sparta Prag
Southampton
Hapoel Beer Sheva

L GRUBU
Villarreal
Steuau Bükreş
Zürich
Osmanlıspor

Her takım birbiriyle iç ve dış saha olmak üzere iki kez karşılaşacak. Grup lideri ve ikincisi, UEFA Şampiyonlar Ligi'nden gelecek 8 grup üçüncüsüyle birlikte son 32 takım arasına kalacak. Gruplarda maçlar 15 Eylül, 29 Eylül, 20 Ekim, 3 Kasım, 24 Kasım ve 8 Aralık'ta oynanacak.

UEFA Avrupa Ligi'nde bu sezon final İsveç'in Solna kentindeki Friends Arena'da 24 Mayıs 2017'de oynanacak. Kazanan takım UEFA Şampiyonlar Ligi'ne doğrudan katılma hakkı kazanacak.